O desenho de oligonucleotídeos, ou mesmo o uso de oligonucleotídeos obtidos da literatura, deve ser subsidiado em anotação cuidadosa nas sequências-alvo depositadas em bases de dados de biologia molecular (e.g., NCBI GenBank – http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/).Uma anotação adequada das sequências pode poupar muito tempo e frustrações em experimentos com resultados aquém dos desejados.

Embora possamos nos valer de facilidades oferecidas por softwares específicos, boas anotações de sequências relativamente curtas podem ser feitas em arquivos de editores de texto convencionais, como Google Docs ou MS-WORD. É importante sempre fazer indicações dos artigos ou outras fontes das quais sequências usadas foram retiradas, incluindo as utilizadas como base para as anotações (e.g., código de acesso no GenBank). A Figura abaixo é um exemplo de anotação de análise para desenho de iniciadores para PCR.

A propósito do desenho de oligonucleotídeos, consulte o material em https://virican.net/lnk/primers. Foi preparado para um Curso de PCR oferecido em 2012 por Ana Paula Ferraz da Silva, doutoranda do grupo na ocasião.

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